Si dispones de tres semanas y todo tu problema son ligeras molestias en los hombros creo sinceramente que puedes hacer bastante más que un Ponferrada-Santiago de 205 kms. Eso te supondría unas etapas de diez kilómetros y unas dos horas y media. A menos que tengas alguna seria limitación física eso queda muy por debajo de tus posibilidades reales. A título orientativo te diré que en tres semanas un peregrino con experiencia y en buena forma puede hacer tanquilamente un Roncesvalles-Santiago. Tú verás a qué nivel te encuentras y por tanto en qué punto puedes iniciar tu peregrinación.  En cuanto a tu problema de hombros es muy probable que todo se deba a un ajuste deficiente de la mochila. Como te dice Berto_kairos el peso principal ha de llevarse en las caderas. Para ello es necesario apretar muy bien la banda de cintura y ésta ha de ser ancha, muy acolchada e ir situada por encima de las crestas ilíacas. La parte alta de los hombros no debe aguantar peso y las bandas tan sólo deben apoyar en las clavículas. Y dentro de la mochila ya sabes, lo más pesado pegado al cuerpo y en el tercio superior y por supuesto todo lo que podamos llevar fuera tiene que sujetarse fuertemente y no moverse en absoluto. 
Espero que disfrutes de una estupenda aventura. Buen Camino.

Pocos son 5 kms al día que, además, supongo no los haces con la carga de la mochila completa...Mi recomendación, para coger un fondo suficiente, es que te hagas entre 15 y 20 kms al día, aunque sea sin carga. Para el Camino, es muy importante lo que te ha dicho Bruno Leonés, mochila con buenos apoyos lumbares que son los que soportan hasta el 80% del peso de tu mochila.